Scrive Tassini in "Curiosità veneziane" (1887): ...Fra' Angelo di Corsica ascritto alla Congregazione di San Girolamo, fondata dal beato Pietro Gambacorti da Pisa, venne poco dopo il 1393 con alquanti suoi compagni da Rimini a Venezia, e fabbricò nel sito di cui ora si favella un ospizio. Nel 1396 vi sorse accanto un oratorio ... Nel 1455 l'oratorio trasformossi in una chiesa più ampia, dedicata al martire S. Sebastiano, la quale ebbe il suo compimento nel 1468....
Qui, secondo la tradizione, visse per alcun tempo prigione Paolo Caliari, detto il "Veronese", chi narra per aver offeso un potente, chi per aver ucciso un insultatore, chi per altra cagione. La storia però non offre alcun documento in proposito. Sappiamo soltanto che il «Veronese» decorò copiosamente col proprio pennello la chiesa di S. Sebastiano, e che, venuto a morte, in essa ebbe la tomba.
Nella chiesa sono presenti alcuni dei maggiori capolavori di Paolo Veronese.